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连锁药店一般都配有商品部和采购部，部分企业两者是分开的，商品部负责做商品分析、商品规划；而采购部就单单做采购，可以理解为执行部门。事实上，这种分开可能会导致两者之间的冲突，商品部和采购部需要共同负责采购审核、存货管理，共同负责商品的分析和商品线的规划，才能确保所采购的商品卖得出去。
国内连锁药店基本上比较分散，以中小型为主，如果有70家直营店就可以进入百强企业，所以在这样的环境下，受企业规模的限制，商品采购部门的职能受到限制，很多功能并未开发完善。其中最重要的一点是，商品采购与供应商之间存在被动的关系，导致连锁药行不能实现采购与供应商管理的目标：提升销售和利润、提升业外收益、建立产品领先的竞争力、降低损耗、降低资金积压。
被动的供应商管理
对于连锁药店来说，什么是供应商管理？是与供应商之间的合同管理吗？现在大多企业的供应商管理处于非常初级的阶段，商品采购部门和供应商签 订合同，做进一步的供应商分析，哪个供应商对连锁的支持和赞助利益最大化，就选择和哪一个供应商合作。
其实，职能完善的商品采购部门是要主动和供应商谈支持赞助的事情，来争取来自供应商的资源，创造收益。而现在的情况是，连锁企业与供应商签订合作协议，协议内容会有一些返利和支持，连锁药店要达到协议的量。每家企业都有几个年度协议，或者在季度开始的时候，供应商主动上门，宣传他们这一季度的政策，希望与连锁药店进行合作。事实上这种模式就是被动的，连锁药店在为供应商服务，为供应商推销产品以此来获得相应的支持。
理想中与供应商的关系应该是战略合作伙伴的关系，合作伙伴关系的基础是要共赢，而不是药店为供应商服务。连锁药店应该试着去和供应商谈合作，比如药店要做十一国庆节特价优惠活动，那么药店就要去找供应商，主动提出需要什么样的产品，什么样的支持来做促销。这一类主动的谈判，目前药店做的很少，大部分药店的情况是供应商来找药店，连锁药店认为给出的条件不错，于是就签下一个协议，主推某一样产品，药店按照供应商的要求做产品陈列、店员销售培训，甚至为了达到一定的增量，整个商品采购部门都在为供应商提供服务。
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