据说清朝时期，黄宗宪途经湖南一个小乡村，借住农户家，农户的儿子从池塘捕回一条河鱼，女主人就在鱼肉里面放盐煮汤，再将辣椒剁碎后与鱼头同蒸，黄宗宪觉得非常鲜美。回家后，他让家里厨师加以改良，于是便有了今天的“剁椒鱼头”。
剁椒鱼头据说可以追溯到雍正年间，当时正大兴文字狱，著名的反清文人黄宗宪，在出逃的路上，途经湖南的一个小乡村，借住在一个贫苦的农户家。恰好农户的儿子从田间池塘中捕回一条河鱼，解了女主人的巧妇之愁，于是就用河鱼做菜。鱼洗净后，鱼肉放盐煮汤，再用自家产的辣椒剁碎后与鱼头同蒸，不想黄宗宪吃了觉得非常鲜美。回家后，他让家里的厨师将这道菜加以改良，于是便有了今天的“剁椒鱼头”。
正宗的湘菜，选用的鱼头是草鱼或者花鲢、白鲢，主要因为这些品种的鱼头个儿大，肉嫩。有时也不单纯只是一个鱼头，大多带了小半个身子，一个巨大的盘子端上来，让人觉得大师傅做这道菜式一定还没过瘾。一个菜式到了一个地方，常常要融入些地方特色。这剁椒鱼头到了武汉，据说有用武昌鱼做的，依照武汉人的性格，恐怕就要改用整鱼，叫做“剁椒武昌鱼”了。再如江南那些不善吃辣的地方，做剁椒鱼头的时候，厨师们总会手下留情，少放些辣椒，不过口味偏淡的当地人也同样吃的嘘吸有声。
剁椒，顾名思义，就是剁碎的辣椒。辣椒并不是土生土长的国产物种，它原产于中南美洲热带地区，是印第安人最重要的一种调味品。1493年辣椒传入欧洲。16世纪末，辣椒才作为一种观赏的花卉被引进中国，但尚未用于饮食。明代高濂的《遵生八笺》（1591年）中，有辣椒在中国最早的记载，“番椒丛生，白花，果俨似秃笔头，味辣色红，甚可观”。辣椒传入中国有两条途径，一条是经过马六甲海峡进入南中国，在云贵、两广生根发芽；另一条是走黄金古道丝绸之路，从西亚进入甘陕，在西北栽培。西北人吃辣椒，虽然没有现在的四川人食辣那么凶猛，但也是必不可少的佐餐佳品。陕北各家门口挂的除了玉米，就是红红的辣椒串。小时候住在西安，母亲经常和邻居讨论辣酱、辣油的种种调制方法。放学回家，通常可以用馒头蘸着辣椒油，作为饭前的开胃点心。
中国最先开始食用辣椒的是贵州及其相邻地区。康熙年间，辣椒曾在贵州“土苗用以代盐”，担当了替代食盐的任务。乾隆年间，贵州、云南镇雄和湖南辰州府开始大量食用辣椒。这湖南人吃辣椒的历史，倒是比现在因食辣而名满天下的四川人还要早些。　湖南省内，一江一湖四水，历来水患频繁，气候潮湿恶劣，冬天湿冷、夏天炎热（长沙是著名的四大火炉之一）。而辣椒具有驱风散寒、通经活血、开胃健胃、抑菌止痒和防腐驱虫的妙用，对伤风感冒、脾胃受寒、关节疼痛、脚手冻伤等都有改善。曾国藩率湘军东征西突，还曾研制了牛肉牛血炖制的"霸王汤"，佐以湖南山椒，保得将士免受风湿之苦。