对于净水机出水检测净水机菌落指数指标，业内人士早在2015年6月9日讨论过，认为该指标应该会从净水机出水判定是否合格的检测项目中去除，因为根据《食品安全国家标准包装饮用水》（GB19298-2014）新国标的规定，从2016年1月1日起，已经取消了对瓶装水、桶装水的净水机菌落指数和霉菌、酵母等细菌的要求。近期，业内人士对这个指标再一次进行了探讨。
提起细菌，大多数国人是一知半解的，乃至谈菌色变。其实，细菌并不是都那么可怕，那么净水机菌落指数的概念也需要好好的在做斟酌了。
其实，细菌既包含有益菌也包含中性菌，同时覆盖有害菌。比如乳酸杆菌、双岐杆菌等就是有益菌，在我们的乳酸奶中就包含。有害菌如伤寒、霍乱、菌痢等，则统称为致病菌。再则就是中性菌，它们是既无益也无害的细菌，没啥好担心的。就目前看，水中的有益菌很少，有害菌也很少。再比如由空气进入水中的中性细菌，对人体既无益，也无害，不会对人体健康有不利影响。
西方国家对净水机菌落指数很宽松
业内专家特别指出，按照美国相关标准，净水机菌落指数只是技术性评价指标，并不是产品质量指标。
美国饮用水中的净水机菌落指数指标是每毫升不大于500个，而我国仅100个，比美国紧的太多!如果有一个企业生产的净水机，出水水质其他指标都合格，都非常好，唯独出水的净水机菌落指数为二百多，按中国标准就不合格了，但按美国标准就是合格的，而且非常好。
如果净水机菌落指数太低，必然要过度消毒，而消毒副产物都是三致（致癌、致突变、致异变）的，其危害远远要大得多。
国内对净水机应采取内控和重点检测相结合
关于如何对待净水机菌落指数，以及水中的细菌可能超标问题，各方也给出了各自的意见。
其实回头看看，此前瓶装水、桶装水及净水机被抽检不合格项，很大一部分是因为‘净水机菌落指数超标’而被判罚。一位业内人士说，既然包装水（瓶装水、桶装水）都已经取消了此项监测指标，净水机也应该放开，只需要把握好大肠杆菌等几个重点细菌指标就可以了，没必要再继续执行净水机菌落指数指标。
一位业内专家也认为，根据新发布的食品安全法，菌落指数只是生产过程中净化效率的内部评价指标，而不是作为产品质量指标，如果超标了，生产过程就要加强控制。