连锁药店在成立初期会遇到这样或者那样的问题，但是无论哪种困难都需要满足广大顾客对于药品的需求。连锁药店需要制定出适合自己的发展战略、公司经营定位、顾客定位等。

人员运作管理：求才、育才、用才、留才等管理，包括总部与门店人员的招聘、任用、考核、晋升、职前训练、各级储备主管、训练、升职训练、出勤管理、请休假管理、人员轮调运作办法。企业人员运作管理：人员的招聘、任用、考核、工资、人员轮调部分、门店可依其职能级别、授权门店各级主管处理而升迁、训练部分，由总部订立明确一致的运作办法，使人力资源达到充分调度与一致管理并建立整体向心力。

商品管理：包括门店内服务事项与组合、商品品项数、商品的销售定价、变价、特价处理、商品的续订、验收、进货、调拨、退货、商品的淘汰、报损量、陈列量、商品库存盘点等。门店销售的商品与服务、淘汰与讨价决定权、综合在总部处理，而销售药品项数、续订、库存量、陈列量等，则可由各级主管依各店销售差异自行决定。如此可使进货成本降低，但又能符合各店商圈与特殊性的不同，能确保整体与运作弹性。

顾客管理：门店对顾客的服务事项，可由总部统一建立标准作业手册，要求门店落实执行，以确定一致的形象与客户服务，建立一致的服务品质，并能使企业的整体性受到顾客认同，就能得到好的口碑，使连锁系统整体效益提高。

财务管理：以资金调度与运用效益而言，所有门店将每日营汇总至总部，由总部统筹运用调度。服务管理运作：钱财管理指门店收银作业、备用金、找零钱管理与费用开支，货款的核对与解交银行。

服务管理：各门店于开店前、营业中、打烊后的注意事项，如清洁维护、商品陈列、顾客的接待技巧、礼节、禁忌，顾客的抱怨处理技巧，门店消防安全、防偷盗、防骗、防抢管理，防止急外伤害，设备使用、维修及保养、人员交接班、营业时间。

样板店布点：对连锁药店样板店前期的商圈调查与选址评估，商圈范围界定、未来布点规划与布点店数、装潢、施工等。

营销活动：连锁药店促销活动，如：单店开幕促销、特别促销常态化、顾客的组织、会员办理、海报、特价办法等各种促销活动。营销活动运作上，门店促销活动由总部统一规划执行，以确立门店的强大，可根据商圈的差异提供门店申请要求的单店促销。

信息管理：总部与单店间会议、表单管理、财务设备管理、杂项费用请领、公务、财务、车辆管理、文书资料管理等。

广告运作：有关企业整体的广告公布规划，由总部统筹运作，各门店配合执行，广告分多种多样，如在当地电视台统一发布品牌宣传，总部统一参与公益活动、制作统一的DM单、健康知识手册、单项活动宣传等。